吉首大學醫學院于2000年9月8日由1958年創辦的湖南省湘西土家族苗族自治州吉首衛生學校與1978建立的吉首大學醫療系合并組建成立。自醫學院成立以來，在吉首大學黨委行政的正確領導下，辦學條件、辦學層次和辦學實力得到了不斷改善和提高，教學與科研水平獲得了前所未有的提升。2012年榮膺第一批卓越醫生教育培養計劃試點高校。
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學院教師積極投入教學改革和科學研究，近年來共承擔包括國家自然科學基金、國家社科基金在內的各級科研課題140余項，擁有在研科研經費400多萬元，發表學術論文800余篇，出版專著及編寫教材50余部，獲得各類省、州、和校級成果獎40余項。
一批教師擔任著全國及全省各類學術要職。學院注重學生專業知識的學習和綜合素質的培養，尤其注重基本操作技能的實訓和專業實踐能力的培養，畢業生以其專業知識扎實、工作能力強、作風樸實而深受用人單位的歡迎。
醫學院擁有臨床醫學一級學科專業碩士學位授權點、兩個生物學二級學科碩士學位授權點。開設有臨床醫學、護理學、針灸推拿學、醫學影像技術和醫學檢驗技術等五個全日制本科專業，護理學和針灸推拿學兩個全日制專科專業;其中，針灸推拿學專業具有留學生招生權。醫學院面向全國15個省(市)招生，在校生數達2700余人。
