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學校學科特色明顯，基礎扎實，科技創新能力不斷提升。中醫臨床基礎為國家重點學科;擁有省部級重點學科42個，其中浙江省“十二五”重中之重一級學科2個、重中之重學科1個，國家中醫藥管理局重點學科25個，浙江省“十三五”“一流學科建設工程”項目9個 。建有以血液病為重點研究病種的國家中醫臨床研究基地。
擁有國家中醫藥管理局協同創新中心1個、國家中醫藥管理局重點研究室3個、國家中醫藥科研重點實驗室 10個、浙江省重點實驗室4個、浙江省“2011協同創新中心”1個，浙江省公共科技條件平臺2個、浙江省重點科技創新團隊4支。獲國家科技進步獎、國家技術發明獎5項，浙江省科學技術一等獎7項。
辦有《浙江中醫藥大學學報》、《浙江臨床醫學》2種學術期刊，其中《學報》是全國對外發行最早的中醫學術刊物之一，在20多個國家和地區發行，被美國《化學文摘》、波蘭《哥白尼索引》等國際著名檢索系統收錄。先后與麗水市、磐安縣、嘉善縣、甘肅省渭源縣、江西省樟樹市等地開展產學研戰略合作，積極服務地方經濟社會和中醫藥事業發展。
